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12月13日，日军占领南京后，野蛮疯狂，惨无人道地屠杀中国战俘和平民百姓。这种屠杀是在“华中方面军”司令官松井石根“俘虏就地处置”，“解除军纪三天”的授意下，由“上海派遣军”及第10军司令官下令执行的。
13日，第6师团枪杀从水西门至下关途中俘虏的1,500余人，第114师团刺杀在雨花台俘虏的1,354人；14日，第16师团枪杀在中华门俘虏的1,500余人；国崎支队在浦口及江心洲枪杀俘虏3,000余人；17日，山田支队竟在上元门以北江岸，将在幕府山及八卦洲一带的战俘14,777人分两个场所一次枪杀。
同时还疯狂屠杀平民百姓：12月14日，在中山码头枪杀难民及非武装军警7,000余人；16日，又在中山码头屠杀难民5,000余人；18日夜，在草鞋峡一次枪杀共57,418人。……
日军疯狂屠杀、**、抢掠之罪行罄竹难书，其凶残目不忍睹：一队队中国战俘用铁丝串着被杀于江边，尸体被江水冲走；一批批中国战俘用绳索捆着被杀于大坑边，尸体被浇上汽油焚烧；一群群中国平民百姓被驱赶着走向屠场，在枪声中一堆堆倒下。……
一群日军官兵背枪持刀闯进民房里，**妇女不分老幼，甚至闯进尼姑庵里实施**；载着日本兵的汽车闯进“金陵大学”校园，数百名大学生惊叫着四处逃散。日本兵叫喊着追赶女大学生，有的女大学生被**，有的被开枪打死。街巷里遍布平民尸体……
日本随军记者小俉行男在其《日本随军记者见闻录》中写道：“俘虏有10万之多，刚进城的部队曾问军司令部这些俘虏怎么办？回答是‘适当处置’。所谓‘适当处置’，就是予以处决。这是军队里开始就确定了的方针。”“不仅残杀俘虏，还杀害无数平民百姓。这个数字既无发表，也无法统计，总之是满目死尸。留在市内没有住进难民区的百姓，都被一扫而光。”
在南京的外国记者都目睹和报道了日军暴行。美国《纽约时报》驻南京特派记者杜廷在报道中说：“日军占领三天内，大规模地抢劫，**妇女，屠杀普通居民，将居民从家中逐出，成批地处决俘虏，抓走成年男子，使南京成为一座恐怖的城市。”
连倾向日本的德国驻华官员在给其政府的报告中也认为：“犯罪的不是这个日本人或那个日本人，而是整个的日本皇军，……它是一部正在开动的野兽机器！”