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钢之帝国首都—钢铁城的地下早已被掏空。下面布满了钢铁组成的轨道、机械等设备。组成了一个巨大的地下城市。
“轰隆隆”一列机车兽进了站。月台上站着无数的机械士兵保护。外面望去是很多的自动激光炮。
太一从机车兽里下来，在墙上的仪器上验证了之后。大门打开，进入里面是一个巨大的房间。里面是无数的机械设备和忙碌的齿轮兽和数据兽在工作。
房间里最显眼的是拥有巨大的机械邪龙兽，从机械邪龙兽身体里伸出很多的数据线连接在不同的仪器上。看到太一进来，机械邪龙兽转过头来：“太一。”
太一点点头：“机械邪龙兽怎么样了？”
机械邪龙兽身上的数据线迅速的收回到了体内：“已经有了成果。”说完巨大的身体向着房间里面走去。
太一跟上去到达了一面巨大的墙壁。接着齿轮转动的声音传来，巨大的墙壁打开。机械邪龙兽和太一进去后，墙壁再次关闭好像从来没有打开过一样。
这个秘密的房间里面不像外面那样噪杂。里面只有一个台子上面是一个小的玻璃罩。里面只有一个橙色的物体散发着微微的光。
太一小心的打开玻璃罩拿出里面的东西，到了太一的手上那个东西光芒变强了。机械邪龙兽在一边说道：“这个就是我们根据钢之帝国当初留下来的资料制作的。他的原理是在不改造数码宝贝的前提下提升数码宝贝的实力，改造型的数码宝贝虽然对于实力提升很大但是却会把数码宝贝进化的空间缩小了。而钢之帝国当初提出的是在数码宝贝的体表覆盖装甲来提防御力和攻击力，在不损害数码宝贝的前提下来提高数码宝贝的实力。而我们现在做出的实验型装甲还是达不到标准，在启动装甲后虽然攻击力和防御力提升了但是速度下降了很多因为装甲展开后很重。这些还不是最主要的，装甲运行时需要很多的能量，能量消耗的速度的很快，紧紧靠着装甲储存的能量用不了多长时间。想要长时间的作战必须解决能量的问题。加大能量的储存装甲的重量会增加，不加大能量的储存作战时间短很难解决战斗。而且制作装甲的金属也是很稀有无法大批量的制作，根本无法大量的装备机械士兵。这些问题也是远古的钢之帝国最终放弃继续研究装甲的原因。”
太一看着手中的装甲感叹不已，没想到手中小小的装甲现在很轻但是却可以覆盖数码宝贝，而且具有不俗的火力和防御力。但是机械邪龙兽提出的问题也是事实，本来太一看到关于装甲的资料时激动不已，以为得到大幅度提升钢之帝国实力的方法。毕竟机械数码宝贝的制作，成熟期、完全体、究极体不同的阶段需要不同的金属，每提升一个阶段就需要大量的资源。看来装甲的问题比这更大。
不过太一想到一个更好的方法就是跟第二部的装甲一样将装甲和神圣计划联系起来，用神圣计划给装甲提供能量。这样就可以解决能量不足，作战时间短的问题了。
“你们下一步的工作重点是研究我们的徽章和神圣计划，根据我们的徽章来做出适合我们的数码宝贝的装甲，将神圣计划和装甲联系起来由神圣计划提供能量。”太一吩咐机械邪龙兽。
机械邪龙兽点点头，和太一走出了这个秘密的房间。
回到了房间，亚古兽已经睡着了。太一坐在椅子上揉着太阳穴。装甲的研究已经有了头绪，现在有了明确的方向应该不久就可以将装甲和神圣计划联系起来到时候孩子们的数码宝贝因该就可以再次增加实力了。
不过那股神秘的黑暗力量的来源还是未知的，虽然可以确定是从黑暗区域来的，但是谁将那股黑暗力量送到数码宝贝世界并且给了钢铁海龙兽他的目的又是什么，还是未知的。太一不在想这些问题了，得到的线索太少了，根本得不到结论。
闭上眼睛，等待明天的到来。太一进入了梦乡。
一个异空间里面，勇者兽和一个隐藏在阴影里数码宝贝飘在空中。
勇者兽先开了口：“需要将一切告诉他吗？”
“不，我要在最后观察一下。等到极恶魔王之后我们的计划成功时，就可以告诉他了。”
“是吗？希望我们可以成功。我们的机会只有这一次。”
“希望吧。”
黑暗之海，千年兽对着一个黑色的镜子。
里面显示的是小丑皇的头像。
“钢铁海龙兽已经被那群小鬼杀死了，你似乎不能阻拦奥米加兽的攻击。”镜子里的小丑皇开口了。
“我也没想到奥米加兽竟然可以将自己的攻击发挥到极致，没关系下次他们就没有这么幸运了。还有黑暗区域的那些魔王似乎想要进入数码宝贝世界了，他们回去找那些孩子的麻烦的。”
“最好吧，不过只凭现在的实力根本挡不住奥米加兽的攻击。我支持不了多久的。”
第二天的早晨，孩子们吃过了早饭就再次出发了。这一次是去消灭木偶兽。得到木偶兽的领地担任这是太一的目的。
木偶兽是住在森林里，掌管着丛林骑兵军团。只是现在无论是噩梦军团还是丛林骑兵都没有太多的兵力了，大都被拖在与钢之帝国战斗的前线。而钢之帝国在太一他们消灭了钢铁海龙兽之后就抽出了与深海救星军团战斗的兵力了，所以这一次太一他们一起行动的还有很多的机械数码宝贝一起参与木偶兽战斗。
坐在机车兽的上面，沿着轨道快速的向着黑暗龙卷山的另一面的森林前进。一路上看到的是无数的机械士兵和钢铁城市，逐渐的可以看到了植物的存在了。最后在轨道的尽头是一望无际的森林。这里就是钢之帝国和丛林奇兵的交接处了。到了这里就只能由孩子们自己前进了。
森林中不断的有朽木兽袭击孩子们的队伍，但是都被在外围的机械士兵挡住了。孩子们向着木偶兽所在地不断的前进，离与木偶兽的战斗越来越近了。
木偶兽在他的房子里通过监视器看到了孩子们向着他的房子走来。
“哼，这群可恶的小鬼们我会让你们尝尝我的厉害的。”说着木偶兽走了出去开始召集他的丛林骑兵军团。
“咚——咚——”巨大的脚步声传来，让孩子们四处张望想要弄明白这是怎么回事。
一个巨大的木头脑袋在远处树木中露出来，吧巨大的头让孩子们张大了嘴。
随着脚步声的靠近，那个木头人巨大的身体也呈现在孩子们的身前。
“那是什么？”阿武有些害怕。
“如果没错的话，那就是木偶兽的房子了。”太一回答。
“可是怎么会这么大，而且还会动。”素娜不能理解眼前的这一幕，看着太一希望可以得到答案。
太一摇摇头表示自己也不知道。
孩子们的四周也冒出了很多的植物系数码宝贝：朽木兽、垃圾桶兽等数码宝贝。
“哈—哈—哈—”木偶兽的声音从巨大木头人的上面穿出来：“你们这些小鬼，竟然就这样大摇大摆的进来了。那么就不要回去了。”
木偶兽人如其名很像一个玩具木偶，现在他站在高高站在木头人的头上嚣张的看着孩子们。
看着四周包围的丛林骑兵机械士兵将孩子们护在中间。
“上吧。各位。”亚古兽说道。
“亚古兽究极进化战斗暴龙兽”“战斗暴龙兽战斗形态转换。”
“加布兽究极进化钢铁加鲁鲁”“钢铁加鲁鲁战士形态转换”
“比丘兽跳跃进化伽楼达兽”
“甲虫兽跳跃进化超比多兽”
“哥玛兽跳跃进化祖顿兽”
“巴鲁兽跳跃进化花仙兽”
“巴达兽跳跃进化神圣天使兽”
“迪路兽超进化天女兽”
把那些成熟期的数码宝贝交给了机械士兵对付。孩子们的数码宝贝找上了那些完全体的数码宝贝。战斗暴龙兽和钢铁加鲁鲁飞向了木偶兽和巨大木头人，他们的任务是对付他们。
战斗在不知不觉中开始了，朽木兽成群结队的冲上来和机械士兵搅在一起。伽楼达兽、超比多兽、祖顿兽、花仙兽、神圣天使兽、天女兽开始与许多的完全体数码宝贝垃圾桶兽、祖利兽战斗。
那只祖利兽是木偶兽的手下居住在广大森林里的完全体植物型数码宝贝，由朽木兽进化而来的完全体。拥有出众的智力与比成熟期更为强大的战斗力，有着树界之王称号的他会用污染神经的迷雾引诱树林周围的数码宝贝进入树林深处然后用根和触须将其吸收掉，绝招是用头上剧毒果子喷射而出的樱桃炸弹。
虽然祖利兽是由朽木兽进化的但是他非常难缠，留下伽楼达兽、超比多兽与祖利兽战斗。祖利兽虽然很厉害但是却不会飞只能任由伽楼达兽、超比多兽不断的在天上攻击，祖利兽抛出了自己的绝招樱桃炸弹。伽楼达兽直接发出自己的绝招“影翼斩”将那些樱桃炸弹全部抵消了。超比多兽趁机发出自己的绝招“超大角炮”，巨大的角穿在祖利兽的身上，祖利兽发出一声悲鸣消失化为了数据。